Struktura organizacyjna KNP pozostaje w stanie niezmienionym od 1921 roku. Mimo upływu czasu wciąż doskonale się sprawdza i umożliwia efektywną pracę Koła.

Pieczę nad całokształtem działań Koła Naukowego Przyrodników sprawuje Opiekun Koła. Co roku w listopadzie, podczas Walnego Zebrania Koła, grono Członków wybiera spośród siebie w wyborach (tajnych i bezpośrednich) trzech reprezentantów, tworzących Zarząd Koła w danym roku akademickim. Statut wyróżnia poszczególne funkcje dla każdego z Członków Zarządu, jednak w praktyce w Zarządzie zawsze panuje ścisła współpraca.

Każdy z Członków Koła przypisany jest do (jednej bądź wielu) Sekcji. Tam spełnia się naukowo w ramach działalności statutowej KNP.
Spośród siebie Członkowie danej Sekcji wybierają Kierownika Sekcji – osobę, która jest bezpośrednim łącznikiem na linii Sekcja – Zarząd.
Zadaniem Kierownika jest dopełnienie wszystkich zobowiązań formalnych wobec Zarządu i koordynacja pracy swojej Sekcji.

Nie można zapomnieć o Władzach Dziekańskich Wydziału Biologii UAM, dzięki którym funkcjonujemy pod względem finansowym. Od lat Dziekan Wydziału przyznaje Kołu pulę środków pieniężnych, które Zarząd rozdysponowuje pomiędzy Sekcje po złożeniu przez Kierowników preliminarzy na dany rok kalendarzowy.